审稿人

审稿人 #1：

在题为《对一种药物敏感的鲍曼不动杆菌进行基因组和表型特征分析揭示其毒力相关性状和耐受应激能力增强》的稿件中，Foong 等人通过表型和基因组实验对药物敏感型鲍曼不动杆菌进行了系统分析。本研究为探索鲍曼不动杆菌菌株的新型毒力因子提供了重要信息。该稿件在经过重大修改后可考虑接收。具体问题如下：

应进行 HKAB-1 与基因组数据库中其他代表性鲍曼不动杆菌菌株的比较基因组分析，以揭示其进化关系。

如表 1 所示，HKAB-1 对头孢菌素、青霉素及其他一些抗生素具有耐药性，是否将其定义为“药物敏感型鲍曼不动杆菌”是恰当的，值得商榷。

图 1 显示 HKAB-1 的生长速率高于标准菌株，这种现象背后的可能机制是什么？应对此进行详细讨论。

应分析 HKAB-1 中与生物膜形成和群体运动相关的基因簇，并讨论其功能。

应通过溶血实验、蛋白酶活性实验，甚至小鼠模型对 HKAB-1 的毒力进行进一步评估。

审稿人 #2：

该文章描述了一株临床分离的鲍曼不动杆菌（HKAB-1）的表型和基因组特征。尽管该菌株对多种抗生素表现出敏感性，却显示出异常强的毒力相关性状。该研究旨在通过将 HKAB-1 与参考菌株 ATCC19606 进行比较，探索抗菌药物敏感性与致病潜能之间的矛盾关系。通过生长实验、生物膜形成、运动性测试、干燥耐受实验以及全基因组测序，作者揭示了非耐药型鲍曼不动杆菌中毒力机制的重要见解。

在我看来，这篇文章写得很好，选题也非常具有现实意义。鲍曼不动杆菌因其多药耐药性，在医院获得性感染中被广泛认为是最重要的病原体之一。该研究设计合理，采用了多种表型和基因组学方法。数据一致性好、展示清晰，并配有适当的统计分析。然而，在发表之前，作者应解决以下问题：

• 引言中缺乏清晰的研究假设。虽然该假设在摘要和讨论部分略有提及，但在引言中并未明确或正式提出。建议在引言末尾加一句类似“本研究旨在……”来明确研究目标。

• 关于抗药性与毒力之间可能存在的权衡假说，虽然该观点新颖且重要，但文章并未提供直接的分子机制证据来支持该结论。尽管表型实验（如增强的生物膜形成、运动性和干燥耐受性）有据可依，且基因组分析揭示了耐药和毒力基因的存在，但文章并未对这些基因的表达或调控机制（如RNA表达分析或蛋白质组学）进行功能验证。因此，建议将相关表述重新措辞，例如使用“我们的发现提示存在潜在的权衡关系”或“观察到的表型可能表明……”，并在讨论中明确指出还需进一步研究其分子基础。

• 基因型并不总能直接转化为表型。文中多次将某些基因（如 adeB）的存在作为耐药性或毒力机制活性的证据。但若无功能验证（如基因表达或蛋白活性实验），此种解释可能言过其实。建议使用更为谨慎的表达方式，例如“潜在活性”或“推测功能性”等术语，以反映仅凭基因存在并不能确认其在功能上表达。

• 文章的一个主要不足是缺乏患者临床信息。除了提到“左心衰”外，未提供任何与患者相关的感染临床背景。这削弱了研究的临床相关性和转化价值。尽管该研究是回顾性的，如果能简要说明感染过程、住院时间、治疗方案及结局，将大大提升论文的临床意义。若有相关信息，强烈建议作者补充。

• 缺乏 RNA-seq 或 RT-qPCR 数据来支持有关毒力和耐药基因（如 ade、bap、hemO）表达的结论。若能补充功能验证数据，将更有力地连接基因型与表型。建议在讨论部分简要指出这一研究局限性。

审稿人 #3：

Bekere 等人的手稿评审

总结

Bekere 等人的手稿研究了肠出血性耶尔森菌（Yersinia enterocolitica）Yop效应蛋白在抵抗人类原代巨噬细胞免疫反应中的作用。结果具有一定意义，因为需要更多关于人类巨噬细胞的研究以便与现有大量小鼠巨噬细胞研究数据进行比较。此外，作者采用了多种方法评估反应，包括基因表达、组蛋白磷酸化、炎症小体激活和钙信号传导。虽然没有报道真正新颖的结果，但研究深化了我们对耶尔森菌-巨噬细胞相互作用的理解。

本文存在三大主要缺陷：首先，作者未讨论并引用Brodsky实验室近期关于感染人细胞的耶尔森菌数据；其次，作者未提及所用的原代人类巨噬细胞为未经激活状态，因此不表达pyrin，YopM在炎症小体抑制中无作用；第三，不同实验中使用的感染复数（MOI）不一致，有些炎症小体分析使用了MOI 500，显然不符合生理条件。

以下将详细说明这些问题，并附带一些小的建议，帮助作者改进稿件。

主要评论

第109-111行：“所有关于耶尔森菌对炎症小体活性影响的研究均在小鼠巨噬细胞或小鼠感染模型中完成（Bliska 等，2013；Schubert 等，2020）。”请修订稿件，纳入Brodsky实验室近期发表的人类细胞数据（PMID 37615436，PMID 39186805）。其中一篇报道YopP诱导人原代巨噬细胞凋亡，这对本研究相关。

第329-358行及图5：关于炎症小体的讨论和数据存在三大问题：

必须考虑上述Brodsky实验室最新数据。还应引用如Zwack等2015年数据显示，murine巨噬细胞中yopK/yopQ突变体诱导的炎症小体激活是由于YopB/D过度转运，引发caspase-11激活及非经典NLRP3途径。

应说明因使用未经激活的人类原代巨噬细胞，无pyrin表达，因此YopM无炎症小体抑制作用。

各实验MOI不统一（图1-5用100，图7用50），图6中某些炎症小体实验MOI为500，时间为2小时，明显不符合生理。

次要评论

摘要：“suggesting a higher-level regulatory mechanism”表述不明确。

第73-75行：“原代人类巨噬细胞很好地反映了体内对应免疫细胞功能，Yersinia感染后20小时才出现细胞死亡迹象。”请参见文献39186805并重新表述。

第92行：“NOD-like receptors (NLRPs)”应修正。

第100-101行：“Schoberle 等2016”引用不正确。

图6C：不明白为何数据归一化到pT3SS。

审稿人 #4：

题为“Primary Human Macrophages的免疫激活被Yersinia效应蛋白协调抑制”的论文中，作者研究了肠出血性耶尔森菌T3SS效应蛋白对宿主的影响。该论文包含了对高毒力、低毒力及突变株的RNA测序数据，数据丰富。然而，与作者2021年发表的类似RNA测序数据相比，本文的主要区别尚不清晰。

以下为需作者回复的几点：

• 本文所用数据集是否与Bekere等2021年发表的数据不同？如果是，作者能否解释为何生成新数据集？若为相同数据，能否说明新发现？

• 所有RNA测序数据均未配合菌体数量信息。例如图1中1.5小时及6小时感染时间点，未说明WAC和WA314菌株是否等量侵入巨噬细胞。若菌数不同，将影响宿主反应，独立于毒力因子。该问题同样适用于所有T3SS突变株比较。菌体负荷信息对理解细菌毒力因子作用至关重要。

• 能否提供图5A免疫印迹定量结果？且图5B缺乏统计学分析，导致误差条较大时数据难以解释。

• H3S10ph既是有丝分裂标记，也反映间期的转录状态。作者能否提供感染对细胞周期影响的信息？H3S10ph差异或因不同突变株对细胞周期调控不同。如何区分有丝分裂细胞中大量的H3S10ph与间期细胞中特异性定位的H3S10ph？此点重要，因为有丝分裂H3S10ph覆盖全基因组，而间期则有特异性位点。

• 第324行中作者称：“YopP抑制基因转录及其余Yop协同作用与组蛋白H3S10ph抑制相关，可能在全基因组水平抑制基因转录。”作者是否尝试将me3/H3S10峰与差异表达基因重叠，判断支持该假说？令人惊讶的是，作者未对数据集进行此类深入挖掘，未给出上调基因与me3/H3S10峰重叠百分比及下调基因的对应数据。

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