Author: gene_x

Abstract: 1. Targets The experiment we did so far: I have two strains: 1. 1457 wildtype 2. 1457Δsbp (sbp knock out strain) I have grown these two strains in two media f

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Abstract: > 摘要 金黄色葡萄球菌 (Staphylococcus epidermidis) 是一种常见的皮肤共生菌，能够从无害的定植者转变为侵袭性病原体，常引起人工关节感染（PJI）。这一生活方式转变的分子机制尚不清楚。为此，我们对来自 PJI 患者的鼻拭子与滑液标本进行了 体外转录组分析。通过靶向关键毒力因子、黏附因子、免疫逃逸和代谢相关基因的定量实时 PCR，比较了共生位点（鼻腔）与侵袭位点（滑液）

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Abstract: > 摘要 外排泵是鲍曼不动杆菌（Acinetobacter baumannii）固有和获得性抗生素耐药性的关键介导因子，但其更广泛的生理功能尚未被充分揭示。在本研究中，我们研究了缺失外排泵 AdeAB、AdeIJ 或 CraA 的 A. baumannii ATCC19606 突变株在氯霉素胁迫下的转录组和表型响应。 CraA 缺失突变株的氯霉素最小抑菌浓度（MIC）显著降低了 32 倍，而

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Abstract: 亲子鉴定常用**短串联重复序列（STR, Short Tandem Repeats）**进行个体识别和遗传关系确认。 STR 是基因组中重复次数多样、具有高度多态性的 DNA 区域，广泛分布于非编码区域（如内含子）中。 在亲子鉴定中，通常会检测多个常用的 STR 位点（如 **VWA、D3S1358、FGA** 等），每个位点都有多个等位基因，由不同重复数构成。 --- ## 🧬 VWA

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Abstract: > 摘要 对于单纯疱疹病毒1型（HSV-1）而言，皮肤是其初始感染的主要部位。在初次裂解性感染后，病毒进入外周神经系统并建立潜伏感染状态。从潜伏感染的神经元中自发再激活，会导致典型的HSV-1相关疾病，如唇疱疹。由于皮肤中包含多种不同类型的细胞和结构，以及人类特异性的感染反应，因此建立HSV-1诱导的皮肤病理模型具有挑战性。尽管如此，使用单层细胞系、类表皮培养物、离体皮肤和小鼠模型的研究，已经极

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Abstract: > 审稿人 #1： 在题为《对一种药物敏感的鲍曼不动杆菌进行基因组和表型特征分析揭示其毒力相关性状和耐受应激能力增强》的稿件中，Foong 等人通过表型和基因组实验对药物敏感型鲍曼不动杆菌进行了系统分析。本研究为探索鲍曼不动杆菌菌株的新型毒力因子提供了重要信息。该稿件在经过重大修改后可考虑接收。具体问题如下： 应进行 HKAB-1 与基因组数据库中其他代表性鲍曼不动杆菌菌株的比较基因组分析，以

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Abstract: 1. Download RBP motifs (PWM) from ATtRACT_DB: ATtRACT_db.txt and pwm.txt; Convert to MEME format (if needed) (Under ~/DATA/Data_Ute/RBP_enrichments/) # Both generate_named_meme.py and generat

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Abstract: > http://xgenes.com/article/article-content/371/identify-all-occurrences-of-phage-hh1-mt880870-in-s-epidermidis-st2-genomes-from-public-and-clinical-isolates/ 1. Downloads gff #for id in CP0

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Abstract: ## 🔬 Purpose of Analysis - **Tn-seq / TraDIS / INSeq** Used for mapping transposon insertion sites across the genome. **Recommended coverage:** 500× to 1000× - **Native transposon (IS) detec

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Abstract: > https://lumicks-pylake.readthedocs.io/en/v0.8.2/install.html#updating > https://github.com/JamesLiWan/MultimerizationCode/blob/main/C_Trap-Multimer-photontrack.ipynb 1. Fix which pylake we should